Ένα από τα τέσσερα μουσεία που αποτελούν τον Μητροπολιτικό Οργανισμό Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης (MOMus) είναι το γνωστό έως πριν λίγα χρόνια «Μακεδονικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης», το πρώτο του είδους του στην Ελλάδα, που είχε ιδρυθεί το 1979. Λειτουργεί, πλέον, με τη νέα του ονομασία, ως «Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης - Συλλογές Μακεδονικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης και Κρατικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης» εντός του χώρου της Διεθνούς Έκθεσης Θεσσαλονίκης, ενώ αναλαμβάνει την οργάνωση της Μπιενάλε Σύγχρονης Τέχνης Θεσσαλονίκης.

Το μουσείο διαχειρίζεται τις συλλογές Ιόλα, Ξύδη, Απέργη και τις λοιπές συλλογές και έργα σύγχρονης τέχνης του Ιδρύματος «Μακεδονικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης», τις συλλογές σύγχρονης τέχνης του Κρατικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης και τη συλλογή γλυπτών του Ιδρύματος «Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης Άλεξ Μυλωνά». Μελετά τα ρεύματα της σύγχρονης τέχνης στην Ελλάδα και το εξωτερικό, διασώζοντας και αναδεικνύοντας τα εικαστικά επιτεύγματά της.

Η μόνιμη συλλογή περιλαμβάνει περισσότερα από 2000 έργα Ελλήνων και ξένων καλλιτεχνών, ενώ περιοδικά τα εκθέματα ανανεώνονται. Η βιβλιοθήκη του Μουσείου διαθέτει περίπου 2500 τίτλους βιβλίων και περιοδικών με θέμα τη ζωγραφική, τη γλυπτική, τη χαρακτική, την αρχιτεκτονική και τη φωτογραφία, ενώ συμπεριλαμβάνονται και όλες οι εκδόσεις του ίδιου του Ιδρύματος. Το οπτικοακουστικό υλικό και τα αρχεία του Μουσείου είναι διαθέσιμα στο κοινό.